Cuando la teniente Kate Sinclair, piloto de la Royal Air Force, es derribada sobre Afganistán, encuentra refugio en un búnker subterráneo, donde se despiertan mortíferas armas biológicas artificiales, mitad humanas, mitad alienígenas.

Hellboy, atrapado entre los mundos de lo sobrenatural y lo humano, lucha contra una antigua hechicera empeñada en la venganza.

Un hombre que lucha con su fe, perseguido por los pecados de su pasado, de repente se ve obligado a defender a la humanidad de las fuerzas de la oscuridad.